19世紀中葉，世界各國紛紛建立關稅壁壘，對進口貨物征收重稅，以保護本國經濟，而在此時西方列強通過《南京條約》、《望廈條約》、《天津條約》，奪取了我國部分關稅自主權，使我國關稅自主權受制於人，把進口關稅限為百分之五，成為當時世界上最低的進口稅。同時，出口稅、內地稅和噸稅的稅率亦受到限制，不能自主調整。
二是海關行政管理權部分被攫奪。
1853年9月，小刀會起義者占領了上海縣城，江海關工作停頓。外商乘機拒納關稅。上海英國領事阿禮國（R·ALOOCK）乘機誘迫海關監督吳建彰邀請洋員“幫辦稅務”，於1854年7月成立了由英美法三國領事各派壹人組成的海關管理委員會，英國人威要瑪（T·F·WADE）握有相當的權利，先後雇用壹批洋員替代海關監督征收關稅，查緝走私。1855年李泰國（H·N·LAY）代替威要瑪後，壹度企圖染指全國海關管理權。
第二次鴉片戰爭中訂立的1858年通商章程第十款中規定：“任憑總理大臣邀請英人幫辦稅務”。第二次鴉片戰爭後開放牛莊（後改為營口）、登州（後改煙臺）、天津、臺灣（臺南）、淡水、潮州（後改汕頭）、瓊州、漢口、九江、南京、鎮江等11處通商口岸，加上第壹次鴉片戰爭後開放的廣州、廈門、福州、寧波、上海5處，對外開放的通商口岸達16處之多。其中上海、廣州、汕頭等海關相繼聘請外國人管理。
我國關稅雖然喪失了部分自主權，不能有力地保護本國經濟的發展。但客觀地看，中國關稅的主導權還是掌握在清政府手中。雖然沿海幾個海關聘用洋員擔任主管，但以英國為代表的西方資本主義國家企圖染指全國的海關管理權的陰謀壹直沒有得逞，中國海關的管理權總體上仍由清政府執掌。