根據《國際海運條例》及有關規定，中國企業法人和境外國際船船運輸公司在中國境內從事無船承遠業務，應向交通部提出申請並提交有關申謂材料，取得《無船承運業務經營資格登記證》。《國家稅務總局關於從事國際海運無船承運業務使用發票有關問題的通知》(國稅函[2002]404號)規定，在中國境內註冊，並依法取得交通部(無船承運業務經營資格登記證)的企業，可以向稅務機關申謂辦理領購、使用《國際海運業運輸專用發票》事宜、領購、使用《國際海運業運輸專用發票》。
對於從事無船承運業務取得的收入是按營業稅交通運輸業稅目(稅率為3%)交稅還是按營業稅服務業錦目(稅率為5%)交稅的問題，壹時成為人們爭論的焦點。
認為應按交通運輸業稅目交稅的人認為，從事無船承運業務的企業是以承運人身份接受托運人的貸載，簽發自己的提單或運輸證，向托運人收取運費，承擔承運人責任，從事的是運輸經營活動。因此，應按交通運輸業稅目交稅。
隨著貨運代理人規模的不斷增大、實力的不斷增強，其業務範圍也不斷擴展。有的貨運代理人除從事貸運代理業務之外，還從事運輸、倉儲等經營活動。這些經營活動雖然都征收營業稅，但屬於不同的營業稅稅目，稅率不同。根據稅法規定，納稅人兼有不同稅目應稅行為的，應當分別核算不同稅目的營業額；未分別核算營業額的，從高適用稅率。因此；貨運代理人應將各種經營活動取得的收入分別核算，避免因會計處理不當而造成多交稅款的結果。
認為應按服務業稅目交稅的人認為，交通運輸業是指使用運輸工具或人力、畜力將貨物或旅客送達目的地，使其空間位置得到轉移的業務活動。雖然無船承運人在無船承運業務中擔當承運人的身份，但並沒有從事稅法規定的運輸經營活動。無船承運人在其經營活動中只不過是以自己的名義而不是以承運人的名義簽發提單。其取得的收入雖然稱為運費，但其實際所得仍然是提供運輸經營的組織活動所取得的服務費收入，不管這種牧入是代理性質的服務費收入還是其他性質的服務費收入。因此，無船承運業務仍然要按照服務業稅目征稅。
如果貨運代理人從事財產租貨、貨物運輸或倉儲保管或等經營活動，應註意繳納印花稅。租賃機動車輛、機械設備、船舶等的，應按財產租賃合同金額的千分之壹繳納印花稅。從事貨物運輸的，應按貨物運輸合同金額的萬分之五繳納印花稅。從事倉儲、保管業務的，應按倉儲保管合同的幹分之壹繳納印花稅。對於不開立合同，只開立單據，或者合同不規範的，應按實際計算金額繳納印花稅。