1、核實漏繳稅款的具體金額和時間；
2、計算應補繳的稅款及滯納金；
3、填寫納稅申報表並註明補繳原因；
4、將補繳的稅款和滯納金繳納至指定的稅務機關；
5、保存繳納稅款的憑證，以備查詢或核查。
個稅的計算與申報：
1、個稅起征點：個人所得稅的起征點是指個人在扣除社會保險費、住房公積金等專項扣除後，其收入達到壹定數額才需要繳納個稅的門檻；
2、綜合所得稅率：個人所得稅采用超額累進稅率，根據綜合所得的不同級距適用不同的稅率；
3、專項附加扣除：包括子女教育、繼續教育、大病醫療等支出，在計算應納稅所得額時可以扣除；
4、預扣預繳和年度匯算：個稅通常采取預扣預繳的方式，年度結束時進行匯算清繳，以確保納稅人年度內的實際稅負與應納稅額相符；
5、個稅申報方式：納稅人可以通過稅務局提供的電子稅務局系統、手機APP等方式進行個稅的申報和繳納。
綜上所述，公司補繳漏繳個人所得稅的流程包括核實漏繳金額和時間，計算應補繳稅款及滯納金，填寫申報表並說明原因，繳納稅款和滯納金至稅務機關，並妥善保存繳稅憑證以便後續查詢或核查。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第六十二條
納稅人未按照規定的期限辦理納稅申報和報送納稅資料的，或者扣繳義務人未按照規定的期限向稅務機關報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表和有關資料的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，可以處二千元以上壹萬元以下的罰款。