增值稅發票如果已經開出到了購貨方手中，發生退回，銷貨方應通過防偽稅控系統開具負數發票專用申請單，具體操作步驟如下：
1、進入“發票管理”界面，點擊“紅字發票信息表/紅字增值稅專用發票信息表填開”菜單，彈出紅字發票信息表信息選擇界面；
2、在紅字發票信息表信息選擇界面中，可以選擇兩種方式，購買方申請和銷售方申請；
3、對於購買方申請，需要在圖5-69所示紅字發票信息表填開界面中，手工填寫納稅人信息、商品信息和申請理由等信息。對於銷售方申請且數據庫中有對應藍字發票信息的，系統會自動填寫信息表信息如圖5-71所示，對於銷售方申請但數據庫中無對應藍字發票信息的，需手工填寫各項信息。確認無誤後點“打印”按鈕，系統保存此張紅字發票信息表，並彈出打印界面。
《增值稅專用發票使用規定》第十三條 壹般納稅人在開具專用發票當月，發生銷貨退回、開票有誤等情形，收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理；開具時發現有誤的，可即時作廢。
作廢專用發票須在防偽稅控系統中將相應的數據電文按“作廢”處理，在紙質專用發票各聯次上註明“作廢”字樣，全聯次留存。
第十四條 壹般納稅人取得專用發票後，發生銷貨退回、開票有誤等情形但不符合作廢條件的，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓的，購買方應向主管稅務機關填報《開具紅字增值稅專用發票申請單》。
《申請單》所對應的藍字專用發票應經稅務機關認證。
經認證結果為“認證相符”並且已經抵扣增值稅進項稅額的，壹般納稅人在填報《申請單》時不填寫相對應的藍字專用發票信息。
經認證結果為“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”的，壹般納稅人在填報《申請單》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。