1、稅務機關對個人獨資企業個人所得稅的征收方法有二種，壹種是查賬征收適用於會計核算比較齊全的，另壹種是核定征收。具體采用哪種征收方法由主管稅務機關確定。
2、采用查賬征收方法的，以每壹納稅年度的收入總額，減除成本、費用以及損失後的余額，為應納稅所得額，然後根據個人所得稅確定的稅率表中對應的稅率計算應納稅款。
3、采用核定征收方法的。依據國家稅務總局關於印發《企業所得稅核定征收辦法》（試行）的通知》規定，采用按企業銷售收入乘上應稅所得率來計算應納稅所得額，然後，根據個人所得稅確定的稅率表中對應的稅率計算應納稅款。
擴展資料：
（壹）工資、薪金所得，以每月收入額減除費用5000元後的余額為應納稅所得額。
（二）個體工商戶的生產、經營所得，按照應納稅所得額計算。實行查賬征收的，按照每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額計算；實行定期定額征收的，按照納稅人自行申報的年度應納稅所得額計算，或者按照其自行申報的年度應納稅經營額乘以應稅所得率計算。
（三）對企事業單位的承包經營、承租經營所得，按照每壹納稅年度的收入總額計算，即按照承包經營、承租經營者實際取得的經營利潤，加上從承包、承租的企事業單位中取得的工資、薪金性質的所得計算。
（四）勞務報酬所得，稿酬所得，特許權使用費所得，按照未減除費用（每次800元或者每次收入的20%）的收入額計算。
（五）財產租賃所得，按照未減除費用（每次800元或者每次收入的20%）和修繕費用的收入額計算。
（六）財產轉讓所得，按照應納稅所得額計算，即按照以轉讓財產的收入額減除財產原值和轉讓財產過程中繳納的稅金及有關合理費用後的余額計算。
（七）利息、股息、紅利所得，偶然所得和其他所得，按照收入額全額計算。
申報時間：在納稅年度終了後3個月內向主管稅務機關辦理納稅申報。
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