1、所得稅繳納不同。個人獨資企業只需繳納企業所得稅；壹人有限公司除公司繳納企業所得稅外，股東也需繳納個人所得稅。
2、建賬要求不同。個體工商戶需要建立收支憑證粘貼簿、進銷貨登記簿，完整保存有關納稅資料。個人獨資企業和壹人有限公司必須建立財務制度，進行會計核算。
3、支付方式不同。定期定額征收個人所得稅，稅務機關依照法律、行政法規的規定，個體工商戶的某個位置，壹定經營期間，應稅收入的壹定範圍內的業務（包括業務編號）或收入的數量（以下簡稱“配額”）的驗證，和計稅依據，確定其應納稅額。個人獨資企業投資者應繳納的個人所得稅，應當按年計算，分月或分季預繳。投資者應在每月或季度結束後7日內預付。結案時間為每年年底後3個月內。公司的企業所得稅應按月或按季度預繳。企業應當自月末或者季度終了之日起十五日內，不分損益，向稅務機關報送預繳企業所得稅納稅申報表，預繳稅款。
稅務機關征收的稅款如下：
1、流轉稅類： 增值稅、消費稅、營業稅、關稅；
2、所得稅類： 企業所得稅、外商投資企業和外國企業所得稅、個人所得稅；
3、資源稅類： 資源稅、城鎮土地使用稅；
4、特定目的稅類： 城市維護建設稅、耕地占用稅、固定資產投資方向調節稅（目前暫停征收）、土地增值稅；
5、財產稅類： 房產稅、城市房地產稅、遺產稅（目前沒有立法開征）；
6、行為稅類： 車船使用稅、車船使用牌照稅、印花稅、契稅、證券交易稅（目前沒有立法開征）、屠宰稅、筵席稅；
7、農牧業稅類： 農業稅（含農業特產稅）牧業稅。
綜上所述，個人獨資企業註冊資金無需實繳。個人獨資企業的典型特征是個人出資經營、歸個人所有和控制、由個人承擔經營風險和享有全部經營收益。因此個人獨資企業的投資人承擔無限責任，投人企業的財產與其他個人財產難以分離，隨時可以增加也可以減少，所以規定出資蕞低限額沒有什麽實際意義，不存在認繳還是實繳的問題。
法律依據：
《中華人民***和國個人獨資企業法》第四條
個人獨資企業從事經營活動必須遵守法律、行政法規，遵守誠實信用原則，不得損害社會公***利益。
個人獨資企業應當依法履行納稅義務。