為了促進企業連鎖經營的健康、有序發展，規範和加強企業連鎖經營財務管理，財政部印發了《企業連鎖經營有關財務規定》，結合《中華人民***和國增值稅暫行條例》和財政部、國家稅務總局《關於連鎖經營企業增值稅納稅地點問題》的通知等企業連鎖經營有關增值稅的會計核算簡介如下：
同壹地區和城市的連鎖企業，實行“總部―分店”管理模式。總部對分店的商品配送，作為內部移庫處理，統壹核算值稅。
舉例：某服裝銷售連鎖企業在同城有3家直銷連鎖分店，是小規模納稅人。1999年1月，3家分店銷售情況，甲店實現銷售收入312000元（含稅）；乙店實現銷售收入208000元（含稅）；丙店實現銷售收入104000元（含稅），由總店計算、申報、繳納增值稅
銷售額＝（含稅銷售額）÷（1＋征收率）＝（312000＋208000＋104000）÷（1＋4％）＝600000（元）
會計分錄：
借：銀行存款 624000 元
貸：應交稅金―應交增值稅 24000 元
商品銷售收入 600000 元
借：應交稅金―應交增值稅 24000 元
貸：銀行存款 24000 元
跨地區經營的直銷連鎖企業，可在非總部所在地區或城市設置地區總部，實行“總部―地區總部―分店”的管理模式的商品配送，作為銷售處理，由總部統壹核算，統壹向總部所在地主管稅務機關申報、繳納增值稅。
舉例：某家電連鎖總店，是增值稅壹般納稅人，有跨地區連鎖店2個。1999年1月，總店購進500000元的家電，進項稅用發票，已付款。由總店對跨地區連鎖店配送商品，開具專用發票，其中：A店300000元，銷項稅金51000元；B店400000，銷項稅金68000元。總店統壹計算、申報、繳納增值稅。
總店購進家電會計分錄：
借：商品采購 500000 元
應交稅金―應交增值稅（進項稅額） 85000 元
貸：銀行存款 585000 元
總店對跨地區連鎖店配送商品會計分錄：
借：應收賬款―A店 351000 元
應收賬款―B店 468000 元
貸：應交稅金―應交增值稅（銷項稅額） 119000 元
商品銷售收入 700000 元
總店繳納增值稅會計分錄：
借：應交稅金―應交增值稅 34000 元
貸：銀行存款 34000 元
備註：應交增值稅＝119000－85000＝34000（元）
這裏需要說明，跨地區經營的直銷連鎖企業，即連鎖店的分店均由總部全資或控股開設，在總部領導下統壹經營的連鎖微機聯網，實行統壹采購配送商品，統壹核算，統壹規範化管理和經營，並經有關國稅機關會同財政部門審批同意，可對總店向其所在地主管稅務機關統壹申報繳納增值稅。
自願連鎖、特許連鎖，其納稅地點不變，仍由各獨立核算分店分別向所在地主管稅務機關申報繳納增值稅。