按期納稅方式下多繳納印花稅的，可以向當地稅務機關提出申請，提交相關證據材料，申請退稅或者抵扣。《稅收征收管理法》第五十壹條規定，納稅人繳納的稅款超過應納稅額的，稅務機關發現後應當立即退還；納稅人自匯算清繳稅款之日起3年內發現的，可以請求稅務機關退還多繳稅款，並加計銀行同期存款利息，稅務機關及時核實後應當立即退還。
事實上，部分地區稅務機關已經明確，納稅方式下多繳的印花稅，可以通過正式文件或12366咨詢的方式進行退稅或抵扣。如《山東省稅務局關於印花稅若幹政策問題的補充規定》((89)魯稅三字第40號)第五條第二款明確規定:“多貼印花稅票的，不得按照規定退稅和抵扣。但對於稅務機關認可的繳款書或完稅證明繳納的印花稅，如果計算有誤，可以申請退稅或抵扣。”廣州市地稅局和北京市海澱區地稅局的網站也對相關問題做出了類似的回答。
法律依據
如果稅務機關給妳完稅函或者完稅證明，妳可以申請退稅或者在以後實現的印花稅中抵扣。如果稅務機關給妳壹個印花稅票，妳不得申請退稅或抵扣。《中華人民共和國印花稅暫行條例實施細則》第二十四條多貼郵票的，不得申請退稅或抵扣。