特別是在20世紀60年代，以蘇哈托為代表的軍人推翻了蘇加諾合法的民選總統，實行軍事獨裁。為了收復西伊裏安，與馬來西亞發生軍事沖突，政府陷入經濟危機，入不敷出。之後中國出現了嚴重的腐敗，還有面子工程，修建了很多紀念館，紀念碑，紀念雕像，辦公樓，導致全國經濟危機，通貨膨脹，物價飛漲。
為了緩解危機，印尼政府采取了錯誤的做法，瘋狂印鈔，導致物價飛漲，通貨膨脹更加嚴重。1965年，通貨膨脹率達到650%。嚴重傷害了印尼的經濟。比如甘蔗種植園比二戰前減少了50%，人民水深火熱，經濟慘不忍睹。直到上世紀70年代，印尼政府才意識到開始重視農業投入，首先實現了大米的自給自足。當時大米可以作為貨幣，也可以用來給公務員發工資。
經過多年的努力，印尼政府終於在1984年實現了糧食自給。並建立了自己的灌溉系統、農業化肥補貼機制，並在80年代開始將工作重心轉向工業。農業壹再出現，增速下滑。尤其是1988，削減化肥農藥補貼，打擊農民種田積極性，農業增長停滯。尤其是1997年亞洲金融危機，印尼盾暴跌85%，GDp下降13%，給印尼經濟造成重創。