新疆維吾爾自治區國家稅務局設5個事業單位，級別為正處級。
1．信息中心
組織信息系統建設，執行信息系統管理制度和技術標準，建立、管理和維護計算機網絡與綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控器具的推廣、應用及技術培訓工作。
2．機關服務中心
擬定後勤服務和行政事務的規章制度及管理辦法並組織實施；負責局機關後勤服務的組織管理工作；負責局機關辦公物品的采購、保管、分配和維修工作；負責局機關的安全保衛、房產管理、綠化和職工醫療保健等工作。
3．培訓中心
負責系統國稅幹部的職務培訓、崗前培訓、業務培訓等工作。
培訓中心下設新疆國稅局烏魯木齊培訓中心、新疆國稅局伊犁培訓中心、新疆國稅局喀什培訓中心，級別為副處級。
4．稅收科學研究所
組織、指導、協調全系統的稅收科研工作；完成上級下達的調研課題和任務；組織全系統稅收科研成果的鑒定和推廣；跟蹤經濟和稅收形勢發展變化，及時為領導決策提供科學依據；組織有關稅收調研成果的評選和獎勵；承擔稅務學會秘書處的日常工作。
5．新疆註冊稅務師管理中心
新疆註冊稅務師管理中心，為正處級機構。註冊稅務師管理中心的主要職責：貫徹國家有關法律、法規和規章，制定具體實施辦法；負責組織註冊稅務師資格考試、註冊登記、年檢等工作；負責稅務師事務所機構的審核、報批並其對執業情況進行監督、管理、檢查；負責註冊稅務師的後續教育和稅務師事務所從業人員的業務培訓工作；負責註冊稅務師協會的日常管理工作。