根據上述職責，市政府辦公室內設機構17個：
1、綜合壹科
負責組織市政府主要領導同誌的文稿起草和公務活動安排；根據領導同誌指示和工作需要開展調查研究；辦理市政府主要領導分管聯系部門的文電、會務、督查、調研工作；承辦市政府有關綜合業務方面的重要文稿；聯系市長協會及綜合秘書網絡的業務工作。
2、綜合二科
負責市政府常務副市長的文稿起草和公務活動安排；辦理常務副市長分管聯系工作方面及相關部門的文電、會務、督查、調研工作；負責聯系隴海蘭新促進會有關業務。
3、綜合三科（市政府救災辦公室）
負責市政府分管農口工作領導同誌的文稿起草和公務活動安排；辦理農口方面及領導同誌聯系部門的文電、會務、督查、調研工作；負責市政府救災工作領導小組辦公室的日常工作。
4、綜合四科
負責市政府分管工業口工作領導同誌的文稿起草和公務活動安排；辦理工業口方面及領導聯系部門的文電、會務、督查、調研工作。
5、綜合五科
負責市政府分管城鄉建設口工作領導同誌的文稿起草和公務活動安排；辦理建設口方面及領導聯系部門的文電、會務、督查、調研工作。
6、綜合六科
負責市政府分管文教口工作領導同誌的文稿起草和公務活動安排；辦理文教口方面及領導聯系部門的文電、會務、督查、調研工作。
7、綜合七科
負責市政府分管商貿口工作領導同誌的文稿起草和公務活動安排；辦理商貿口方面及領導聯系部門的文電、會務、督查、調研工作；負責市政府領導同誌以及辦公室招商引資項目任務的協調、落實工作；負責聯系亞歐大陸橋論壇有關業務。
8. 綜合八科
負責市政府分管政府融資、金融保險等工作領導同誌的文稿起草和公務活動安排；辦理相關方面和領導分管及聯系部門的文電、會務、督查、調研工作。
9、秘書科
承辦市政府全體會議、常務會議、黨組會議、市長周例會和市政府重大會議的籌備組織工作，起草會議紀要，協助有關科室做好會議決定事項的督辦落實工作；承辦市政府和辦公室領導公務活動安排、公務迎送與接待工作；負責辦公室內部日常事務和掛靠與代管機構有關事項的綜合協調，安排辦公室內部各類會議和活動；負責辦公室機關和所屬單位的目標考核管理、組織人事、機構編制、教育培訓等工作；承辦市政府和辦公室領導的服務保障和通信員的管理工作；負責機關電話總機管理和會議室的管理服務工作；承辦辦公室對外宣傳和國內友好城市聯絡工作。
10、信息科（《鹹陽市人民政府公報》社）
向省政府和市政府報送政務信息，開展信息調研，協調指導全市政府系統政務信息工作；收集、分析、上報網絡媒體有關重要信息，掌握輿情動態；編發《鹹陽市人民政府公報》；整理市政府工作大事記；負責市內外政務信息交流；負責市政府、市政府辦公室的政務公開工作，指導、協調、監督市政府各部門和全市各級政府電子政務和政務公開工作。
11、機要科
承擔各類來文來電的接收、登記、轉辦、傳遞、歸檔工作；復核、印刷、分發以市政府、市政府辦公室名義印發的各類重要文稿；負責市政府、市政府辦公室印鑒的管理、使用和市政府各部門、各縣市區以及縣級企事業單位印鑒的頒發、回收、銷毀工作；負責各級領導批示件的登記、轉辦工作；負責辦公室自動化辦公系統的規劃、建設、管理、日常維護工作；做好市政府辦公室機關保密工作。
12、財務科
負責市政府辦公室行政經費的管理；負責市政府及辦公室公務活動的預決算和後勤保障事項；承辦機關的養老保險、醫療保險、住房公積金等有關業務；負責離退休人員及遺屬服務管理工作；負責市政府辦公室內部對口接待有關工作。
13、行政科
承辦市政府機關大院房地產管理、辦公用房修繕、水電暖管理、環衛綠化、愛國衛生活動以及市級機關事務管理方面的有關工作；負責市政府機關大院內部安全保衛、戶籍管理、文明大院創建工作；負責市政府辦公室後勤行政事務管理、精神文明建設、計劃生育和車輛調度、使用、管理工作；承擔市本級公***機構的節能工作，指導、監督下級公***機構的節能工作；配合有關部門處理赴市政府機關集體上訪事件。
14、市應急管理辦公室（市政府總值班室）
負責市政府、市應急管理委員會的日常工作；協助市政府領導同誌做好由市政府組織處理的突發事件的處置工作；負責全市應急體系規劃和建設工作，指導檢查全市應急管理工作；負責市政府的值班工作和群眾信訪接待；負責向省政府辦公廳報送重大突發事件及處置情況信息；辦理應急管理方面的文電、會務、督查、調研工作；負責承辦領導交辦的其他工作。設值守應急科、綜合協調科。
15、市政府法制辦公室
負責對全市行政機關推進依法行政工作的監督檢查，建立和落實依法行政監督的相關制度，協調有關部門和機構做好依法行政監督工作；協調部門之間在有關法律、法規、規章實施中的矛盾和爭議，受理行政違法案件的投訴；擬訂市政府規範性文件的年度計劃並組織實施，負責市政府規範性文件的審查、備案、清理等工作；承辦市政府的行政復議案件；指導和辦理行政訴訟、行政賠償工作；指導市政府部門和縣區政府法制工作。設復議監督科和法規應訴科。
16、市政府研究室
組織開展全市經濟社會發展重大問題的調查研究和決策咨詢論證工作；參與研究全市經濟社會發展規劃；參與有關重要文件、講話的起草、修改工作；負責政府系統調研協調及成果評選與合作交流。
17、市政務大廳管理委員會辦公室
承辦並監督市政府授權在大廳辦理的行政審批工作；負責為各類投資者辦理所申請的各項批文和證照；協助辦理各類投資項目的審批手續；協助投資者處理和解決生產經營過程中壹些具體困難和問題；辦理有關便民服務事項；承辦領導交辦的其他涉及招商引資、改善投資環境方面的工作；協調大廳內各部門之間的工作關系，負責業務指導、業務協調和業務統計；制定政務大廳的各項規章制度、管理辦法並組織實施；受理有關投訴和舉報，搞好進廳單位及其窗口人員的考核管理工作。設秘書科和業務督查科。
紀檢、監察機構按有關文件規定設置。