1、物流公司作為增值稅的壹般納稅人，在提供運輸服務時，適用的稅率為9%；
2、適用稅率涵蓋公路、鐵路、水路、空運和管道運輸；
3、小規模納稅人的稅率為3%；
4、開具運輸發票時，票面金額需按照11%的扣除率計算進項稅額的扣除；
5、貨物運輸業的增值稅發票由稅務機關專門開具。
物流公司的稅務管理：
1、稅務登記：物流公司需向稅務機關進行稅務登記，獲取稅務登記證；
2、發票管理：物流公司必須使用稅務機關認可的發票，並按規定開具；
3、稅率應用：物流公司應按照國家規定的稅率繳納稅款，如增值稅、企業所得稅等；
4、納稅申報：物流公司需定期向稅務機關申報稅務，包括月度、季度和年度申報；
5、稅收優惠：物流公司應了解相關稅收優惠政策，合理享受稅收減免；
6、稅務檢查：物流公司需配合稅務機關進行稅務檢查，確保稅務合規。
綜上所述，物流公司作為增值稅壹般納稅人在提供包括公路、鐵路、水路、空運和管道在內的運輸服務時，適用9%的稅率，而小規模納稅人則適用3%的稅率；在開具運輸發票時，需按11%的扣除率計算進項稅額扣除，且增值稅發票由稅務機關專門開具。
法律依據：
《中華人民***和國增值稅暫行條例》
第二條
增值稅稅率：（壹）納稅人銷售貨物、勞務、有形動產租賃服務或者進口貨物，除本條第二項、第四項、第五項另有規定外，稅率為17%。（二）納稅人銷售交通運輸、郵政、基礎電信、建築、不動產租賃服務，銷售不動產，轉讓土地使用權，銷售或者進口下列貨物，稅率為11%：1.糧食等農產品、食用植物油、食用鹽；2.自來水、暖氣、冷氣、熱水、煤氣、石油液化氣、天然氣、二甲醚、沼氣、居民用煤炭制品；3.圖書、報紙、雜誌、音像制品、電子出版物；4.飼料、化肥、農藥、農機、農膜；5.國務院規定的其他貨物。