1、鄉、村幹部上門集中收繳方式：農民持《新型農村合作醫療證》、《戶口薄》到本村、組指定的地點辦理參合登記，填寫《參合人員繳費參合登記表》，經辦人員審查，收繳農民個人參合資金，同時開具由省財政廳統壹印制的新型農村合作醫療收款收據。
2、村集體經濟代繳方式：鼓勵村集體經濟好的村，實行由村集體經濟統壹交納參合資金。村負責人持新型農村合作醫療登記冊、戶口登記冊到鄉鎮新農合經辦機構填寫、匯總《參合人員繳費參合登記表》，經辦人員審查，收繳農民個人參合資金，同時開具由省財政廳統壹印制的新型農村合作醫療收款收據。
3、農民主動到鄉鎮新農合經辦機構繳納方式：農民持《新型農村合作醫療證》、《戶口薄》到鄉鎮新農合經辦機構辦理參合登記，填寫《參合人員繳費參合登記表》，經辦人員審查，收繳農民個人參合資金，同時開具由省財政廳統壹印制的新型農村合作醫療收款收據。
新農合報銷程序：
(壹)申請受理
1、申請人：參合病人本人或者其配偶、父母、子女。參合病人本人不能親自辦理申請手續且沒有配偶、父母、子女的，由其兄弟、姐妹代其申請；沒有兄弟、姐妹的，由村民委員會負責人代其申請。由其代理人代理申請的，應當提交代理人的身份證復印件及與參合病人關系的證明材料。
2、受理機構：縣級以下(含縣級，下同)定點醫療機構。
3、申請結果：
(1)申請報銷的參合病人身份證明材料真實、提交材料齊全的，應當場受理；
(2)對參合病人身份證明材料有疑義的，應移交合作醫療管理經辦機構核實其身份；
(3)對提交材料不齊的，應壹次性書面告知需要補齊的全部材料。
(二)費用核算縣級定點醫療機構：由縣級定點醫療機構合作醫療窗口初審核算人員受理醫療費用報銷申請，對申請人提交的材料進行審查，具體核算補償範圍內的醫藥費用和補償金額，並填寫《新型農村合作醫療住院補償表》，簽署核算意見。鄉鎮定點醫療機構：由鄉鎮衛生院合作醫療窗口初審核算人員受理醫療費用報銷申請，對申請人提交的材料進行審查，具體核算補償範圍內的醫藥費用和補償金額，並填寫《新型農村合作醫療住院補償表》，簽署初審核算意見後，由復核人員或者鄉鎮專職審核員對初審項目和補償金額進行審核，簽署審核意見。
(三)費用兌付由縣級以下定點醫療機構合作醫療窗口兌付人員根據審核意見，向申請人支付應當報銷的醫藥費用，並由申請人或者其代理人在《新型農村合作醫療住院補償表》上簽字。