納稅人的條件符合土地增值稅清算的條件之後，可以申請相關的稅務部門進行土地增值稅的清算手續，對項目中應當繳納稅款進行結算。土地增值稅清算程序1、凡符合應辦理土地增值稅清算條件的納稅人，應在90日內向主管地方稅務機關提出清算稅款申請，並據實填寫《土地增值稅清算申請表》，經主管地方稅務機關核準後，即可辦理竣工清算稅款手續。2、凡主管地方稅務機關要求納稅人辦理土地增值稅清算手續的房地產開發項目，主管地方稅務機關應出具《土地增值稅清算通知書》並送達納稅人。納稅人應在接到《土地增值稅清算通知書》之日起30日內，填寫《土地增值稅清算申請表》報送主管地方稅務機關。經主管地方稅務機關核準後，在90日內辦理清算稅款手續。3、納稅人在辦理土地增值稅清算申報手續時，應向主管稅務機關提交有關清稅項目資料，並填寫《土地增值稅清算材料清單》。須提交的有關資料如下：（1）項目竣工清算報表，當期財務會計報表（包括：損益表、主要開發產品（工程）銷售明細表、已完工開發項目成本表）等。（2）國有土地使用權證書。（3）取得土地使用權時所支付的地價款有關證明憑證及國有土地使用權出讓或轉讓合同。（4）清算項目的預算、概算書、項目工程合同結算單。（5）能夠按清算項目支付貸款利息的有關證明及借款合同。（6）銷售商品房有關證明資料，以商品房購銷合同統計表並加蓋公章的形式，包含：銷售項目棟號、房間號、銷售面積、銷售收入、用途等。（7）清算項目的工程竣工驗收報告。（8）清算項目的銷售許可證。（9）與轉讓房地產有關的完稅憑證，包括：已繳納的營業稅、城建稅、教育費附加等。（10）《土地增值稅清算鑒證報告》。（11）《土地增值稅納稅申報表（壹）》。（12）稅務機關要求報送的其他與土地增值稅清算有關的證明資料等。4、納稅人應準確、據實填寫各類清算申報表和相關表格；納稅人委托中介機構代理進行清算鑒證的，在《鑒證報告》中應詳細列舉清算項目的收入、扣除項目和進行土地增值稅清算的相關鑒證信息。5、主管地方稅務機關在收取納稅人提交的申請材料和《鑒證報告》時，應認真核對納稅人提供的資料，並嚴格按照《鑒證報告》標準格式進行驗收，對納稅人提交的申請材料齊全的，主管稅務機關應予以受理，並向納稅人開具《土地增值稅清算受理通知書》交納稅人轉入審核程序。6、對納稅人提交的清稅資料不完整、《鑒證報告》內容不規範、審計事項情況不清楚的，應退回納稅人重新修改《鑒證報告》或補充資料，並向納稅人開具《土地增值稅清算補充材料通知書》交納稅人，待清算資料補充完整後，重新辦理稅款清算手續。7、主管地方稅務機關應自受理納稅人清算申請之日起90日內完成清算審核工作，不含納稅人應稅務機關要求的補正資料時間。8、稅務機關辦理補（退）土地增值稅清算手續。符合土地增值稅清算條件的，開發商應該準備好所有材料，到當地稅務所申報。稅務所進行核算，得到準備的稅額，企業沒有異議的話就完成納稅義務。這些就是土地增值稅清算流程的壹些環節。
法律客觀：土地增值稅清算稅率是多少？土地增值稅是以轉讓房地產取得的收入，減除法定扣除項目金額後的增值額作為計稅依據，並按照四級超率累進稅率進行征收。土地增值稅清算征收方法：（1）增值額未超過扣除項目金額50％部分，稅率為30％；（2）增值額超過扣除項目金額50％，未超過扣除項目金額100％的部分，稅率為40％；速算扣除系數為5％；（3）增值額超過扣除項目金額100％，未超過扣除項目金額200％的部分，稅率為50％；速算扣除系數為15％；（4）增值額超過扣除項目金額200％的部分，稅率為60％；速算扣除系數為35％；（5）房地產企業建設普通住宅出售的，增值額未超過扣除金額20％的，免征土地增值稅。財法字［1995］第6號《中華人民***和國土地增值稅暫行條例實施細則》第十壹條規定。其計算公式為：應納稅額＝增值額×適用稅率－扣除項目金額×速算扣除系數征收辦法。