我國現階段居民收入存在地域和行業差別形成的收入差異，使全國適用工資薪金收入800元起征點有悖稅法公平原則。從地域居民收入分析，沿海高於內地，東部高於西部，中心高於邊遠；從行業居民收入分析，高收入者主要集中於電信、金融、鐵路、民航、有色、電力、煙草等行業。
我國現行個人所得稅制實行分項收入計稅、分項扣除費用的征管辦法存在稅法涵蓋面不足和易造成稅負的扭曲問題。目前關於十個稅目的規定，使許多收入難以納入征稅範圍，壹些收入在應稅項目的認定上模棱兩可。壹些單位將支付給職工的收入通過多次、多項目支付等方式，化整為零，使大部分收入低於起征點形成合法避稅。從世界各國稅收實踐的經驗分析，我國現行的個人所得稅制屬於壹種較少綜合性的分類所得稅制，自然具有此類稅制原發性的局限。分類課征辦法不能全面地衡量納稅人的真實收入水平，會造成所得稅來源多、綜合收入高的人不納稅或少交稅，而所得來源少、收入相對集中的人卻要多交稅的現象，無法體現公平稅負的原則。
工資薪金所得稅的超額累進稅率級距過多，大部分邊際稅率不適用。根據測算，全國工薪收入者扣除800元費用後需要繳納個人所得稅的人只有1％，大部分只適用5％和1％的前兩級稅率。我國月工資在10萬元以上的人可謂鳳毛麟角，月工資在4萬元以上的也不多。所以稅率級距中心的第五級至第九級稅率缺乏實際意義，並且40％、45％的高邊際稅率沒有多少人適用，卻使我國稅制空背高稅負之名。目前各國的個人所得稅稅制改革都遵循擴大稅基、減少累進級距的目標，如美國、巴西的個人所得稅率只有2－3檔。而我國現行稅制為9級，這與簡化稅制的改革方向相悖。從我國實際狀況分析，累進稅的級距定在3－5級較為適中。
我國現行個人所得稅對工資、薪金所得與勞務報酬所得實行分項差別課稅，有失稅法公平原則。現行稅制工資、工薪所得適用九級超額累進稅率，勞務報酬所得適用20％的比例稅率，同時實行加成征收，造成稅負不均。在世界各國稅制中，無論是實行綜合個人所得稅制的國家還是實行分類個人所得稅制的國家，對勞動所得都是同樣課稅的。我國個人所得稅也應將勞動性所得加以合並，歸為壹類，按統壹的超額累進稅率課征。
我國現行稅制對扣除的規定不合理。對個人征稅只有建立在“凈所得”概念上才有計稅的意義。因此，為得出應稅凈所得，必須在調整後毛所得中如實扣除納稅人應該扣減的費用。由於在實際生活中，每個納稅人為取得相同數額的所得支付的成本費用占所得的比例各不相同，甚至相差甚遠，因而規定所有納稅人都從所得中扣除相同數額或相同比例的費用顯然是不合理的。現行稅制中，夫妻分別申報帶有不合理性，在實行累進稅率的類別中，夫妻合並申報較為公平。
另外，還有壹個關於附加福利的課稅問題。西方各國的附加福利是雇主給雇員的小額優惠，壹般以實物津貼形式實現。西方國家的個人所得稅制度壹般都規定在確定征稅基礎時，附加福利也包括在內。根據國家統計局估計，我國職工工資以外的收入大約相當於工資總額的15％左右，而且沒有包括職工個人受益由國家和企業支付的那部分“暗補”。目前，我國部分機關事業單位和壹些效益較好的企業，公司都在給職工發放工資以外的實物福利，這類附加福利也必須計入個人所得予以課稅。
我國個人所得稅征收制度改革的目標模式選擇
壹 加大個人所得稅征管力度，完善目前我國個人所得稅征收制度的現實性選擇1．針對廣大納稅人納稅觀念淡薄，有意或無意偷逃稅款相對普遍的現象，在加大日常征收執法力度的基礎上，要完善征管辦法，健全征管制度，推行個人所得稅代扣代繳和納稅人自行申報，逐步建立法人向稅務部門申報對個人支付的明細表制度和個人收入資料的傳遞等制度。制定對社會影響大的某些高收入行業和個人的具體征管辦法，以立法形式明確納稅人、代扣代繳人、稅務機關三者各自的法律責任。逐步推行世界通用的“藍色”申報制度，即對能如實申報的納稅人采用藍色標記的申報表進行申報，在費用、損失和扣除方面給予更多的優惠，反之則用“白色”普遍申報方式。采用這種堵塞與疏導相結合的辦法，利用如實申報，比僅采用懲治辦法效果更好。
2．逐步建立規範科學的源泉控制規程。我國目前個人所得稅源控制的主要作法為由稅法規定的代扣代繳單位實施代扣，與國際稅收慣例相比僅停留在淺表層次。從長期發展看可以借鑒諸如美國、西歐等國的作法，建立納稅人編碼制度。這樣，稅務機關審核了解其所得的應稅收入和財產的來龍去脈就極其便利，可以及時督促其將稅款及時足額解繳國庫。
3．建立有效的稽核制度和嚴格的處罰制度。隨著申報納稅的逐步推行和稅務代理制度的建立，建立有效的個人所得稅稽核制度顯得尤為重要。在稅源集中的地區要設立專門的稅務所或分局來專管個人所得稅。同時，要加強稅務隊伍的自身建設，提高征管人員的業務素質和執法水平。應賦予稅務部門較高的執法地位，以便加大處罰力度。
4．構建個人收入的社會監控網絡，依法拓寬征管範圍。我國現行個人所得稅制是分項稅制，稅收征管要從速構建個人收入的社會監控網絡，通過銀行、工商、海關、勞動、司法等部門密切協作配合，調動社會力量構建良好的治稅環境，做好基礎性配套工作，實現個人所得稅征管突破性進展。
5．加強我國個人所得稅征管的根本出路在於信息化。稅收制度的有效實施是以強有力的稅收征管為保證的。從長遠看，加強我國個人所得稅的征收管理的根本出路在於逐步實現個人所得稅征收管理的信息化。我國在研究改革和完善個人所得稅制度時，必須十分重視個人所得稅征管方法和手段的改革和完善。
二 個人所得稅征收制度改革的目標模式目前世界各國實行的個人所得稅制度，大體分為三類模式，即：1．分類所得稅制，又稱個別所得稅制。它是對同壹納稅人不同類別的所得，按不同的稅率分別征稅，具有對不同性質的所得實行差別待遇的優點，但不能很好體現量能負擔的原則。英國的“所得分類表制度”是分類所得稅制的典範；2．綜合所得稅制，又稱為壹般所得稅制。它是將納稅人在壹定期間內的各種所得綜合起來，減去法定減免和扣除項目的數額，就其余額按累進稅率征收。能較好地體現量能負擔的原則，但對不同性質的所得不能實行差別待遇，且征稅成本高，對個人申報和稅務機關稽查水平要求高，必須以發達的信息網絡和全面可靠的原始資料為條件。3．分類綜合所得稅制，又稱為混合所得稅制。它由分類所得稅和綜合所得稅合並而成。它是按納稅人的各項有規則來源的所得先課征分類稅，從來源扣繳，然後再綜合納稅人全年各種所得額，如達到壹定數額，再課以累進稅率的綜合所得稅或附加稅。
我國現行個人所得稅具有分類所得稅的主要特征，僅具有較少綜合性特質，在實際運作中也暴露出他類所得稅制固有的弊端。而綜合與分類結合的混合制，最能體現稅收的公平原則。
針對目前我國的分類所得稅模式固有的缺陷，應適時修正稅制，逐步采用混合型的稅制模式，即在繼續普遍實行源泉代扣代繳的基礎上，對工資、薪金、勞務報酬、經營收入等經常性的所得實行綜合申報征收，對其他所得則仍實行分類征收。這種模式與我國現行稅制最根本的區別，是將勞務報酬所得並入工資薪金所得和各種經營所得。因為比較而言，混合型的結構模式更符合我國目前的實際情況。美國是采用徹底綜合型個人所得稅制的代表國家，這與它擁有先進的現代化征管手段，對個人的主要收入能實行有效監控，並且擁有發達的信用、交通、通訊手段相適應。雖然電子計算機在稅收征管中的運用漸廣，但尚處於起步階段，對納稅人的收入缺乏有效監控，因此選擇綜合所得稅制不符合我國目前的國情。有的學者認為，實行混合所得稅制的征稅成本、對征管水平的要求並不比實行綜合所得稅制低，主張選擇綜合制模式。那麽，實行混合制模式在稅收征管方面有何優勢呢？在采用混合制模式的情況下，對於某些應稅所得，如利息、股息、紅利所得等，可以按比例稅率征收，不必實行年度綜合申報納稅。另外，對於工薪所得可采用預扣代繳的征收方式。除少數工薪收入特別高的納稅人外，大多數可只進行年末調整，而不必申報納稅，這樣可大大減少申報納稅人數，實行混合制能減少納稅申報人數，節省大量的人力、物力、財力，達到簡化征管的目的。
綜上所述，我國現行個人所得稅制較之世界各國稅制，其發展只能定位於初級階段，亟須修正完善。其征收目標模式的選擇應隨著國民經濟的發展向主體財源靠攏。在稅制的選擇上，應逐步由分類所得稅制向混合所得稅制演進，以使其征收管理更加趨於科學、規範和合理。