第壹，工資來源不同
公務員編制是在單位工作的正式人員，其工資完全由財政提供。事業單位工資由財政全額供給或財政部分供給或自收自支。事業單位交失業保險，公務員不交失業保險。
二是工資差距大
事業單位工資不如公務員穩定。而且由於經費緊張，除參評單位外，其他單位的工資普遍低於當地公務員。除了基本工資，事業單位的補貼和年終獎通常低於公務員。比如公務員的車補，事業單位人員是享受不到的。壹般來說，同壹個地方的事業單位總收入比公務員低三分之壹左右。
第三，人員編制崗位之間的換算不同
在縣級黨政機關，往往沒有單位公務員和事業單位公務員之分，局機關公務員也很少，大部分是下屬事業單位的人。縣委可以直接把事業編制科長提拔到縣局副局長，就自動變成公務員編制了。
通常在市以上級別，公務員和事業編制的區分非常明顯。工作人員壹般不會大範圍重疊，壹般各司其職，特別是副科以下的，不能相互轉換，但是在副科的時候可以相互轉換。比如可以從事業單位直接提拔人做副科長或者局機關科長，也會自動轉為公務員。
第四，推廣和發展路線不同
公務員要想得到晉升和發展，需要提升職務和行政級別，比如科級、處級、科級，難度很大。事業單位的發展路線主要是評職稱，但是評職稱很難，而且最重要的是有名額限制，這也註定了很多事業單位的人是不會評高職稱的。事業單位大量人員的職稱上不去，發展前景自然不樂觀。
第五，編制性質不同。
公務員和事業單位都有自己的編制，但是公務員屬於行政編制，事業單位屬於事業編制。這兩者看似相似，實則大相徑庭。從獲得行政編制的兩種途徑可以看出，行政編制只能通過公務員和選調生考試獲得，每年只有國考和省考才有機會。
但是事業編制的獲取難度要小很多，事業單位的考試就更不用說了。人才引進和交流甚至可以免試評獎。所以事業單位往往會出現“人浮於事”的現象，畢竟拿到編制太容易了；沒有公務員超編，每個編制都有嚴格規定。沒有空缺的時候，單位想招人也招不到。