如果申報工資與實際發放工資不符，需要找出具體原因，確認哪些數據有誤。如實際發放的工資有誤，將向相應員工追回並補發。如果錯了，就要對申報的數據進行修正，重新申報。
哪些發工資方式有風險？
1.用現金支付工資。
隨著支付管理系統的發展，國家大力推廣非現金結算，全面推行銀行代發工資模式。試想:公司有基本戶，員工多，公司不在偏遠山區。用現金發工資正常嗎？
2.故意混淆勞動和工資申報。
很多勞務派遣公司，建築企業等。按工資薪金申報勞動者、臨時工、第三方從業人員！尤其是社保交給稅務部門征收後，建築工人實名制，這類企業的工資合規性尤為重要！
3、補貼不申報個稅。
企業和員工在不避稅的情況下，最高可獲得45%的稅收。因此，為了降低運營成本，許多企業采取違法違規發放工資的做法。
4、大量從業人員零申報
自從個稅免征額從3500提高到5000，很多企業都申報員工工資為零，但是壹個公司大量申報工資為零正常嗎？相對於區域行業明顯偏低，稅務檢查會等著企業。
5.虛假發票扣除
壹個企業把員工的工資分成基本工資、年終獎、節日費用和各種補貼，然後每個月讓員工找發票抵扣，以報銷的形式達到工資避稅的目的，是絕對不可取的。如果長期大量處理，會造成企業費用異常，稅務機關肯定會關註和檢查。
某公司2011年度的賬戶列示應付工資賬戶為5，013，120.00元，其中員工工資2，779，470.00元，銷售及相關員工和外勤人員114500.00元。現場人員支付的工資列為1，211，400.00元，無簽字記錄、轉賬憑證或收據等有效支付依據。對於沒有有效支付依據的工資，為多欄工資121400.00元，應補繳企業所得稅。
實際工資與納稅記錄工資不符怎麽辦？當發現員工實際工資與納稅申報工資不符時，財務部門必須能夠找出原因，看到哪裏不對，然後解決，使金額壹致。不要以為這些小錯誤沒有影響，出現問題就會很難處理。