1、發票問題
問題：發票無小事，無論是“股改”過程中發現不合規發票入賬的歷史遺留問題還是在掛牌後出現的發票問題，都有可能招致“行政處罰”甚至是“刑事處罰”，尤其是“營改增”後，增值稅專用發票引發的“刑事風險”無論對公司高管還是公司本身，都具有不可估計的破壞力。
對策：加強公司內部發票的規範性管理，尤其在開具、接收過程中，嚴格按照發票管理的程序，重點審核“賬”、“票”的壹致性。
2、個人股東盈余公積、未分配利潤轉增股本未繳納個人所得稅
問題：“股改”過程中，個人股東將累積的盈余公積、未分配利潤轉增股本，未按照規定繳納個人所得稅。
對策：按照稅法規定，該情形下應視同進行利潤分配，需要按照20%的稅率繳納個人所得稅。
3、個人以非貨幣性資產投資未繳納個人所得稅
問題：個人股東以無形資產等非貨幣性資產投資入股，沒有繳納個人所得稅，且已經按照壹定年限對無形資產進行了攤銷。
對策：根據《關於個人非貨幣性資產投資有關個人所得稅政策的通知》（財稅201541號文），個人以非貨幣性資產投資，屬於個人轉讓非貨幣性資產和投資同時發生。對個人轉讓非貨幣性資產的所得，應按照“財產轉讓所得”項目，依法計算繳納個人所得稅。 個人以非貨幣性資產投資，應按評估後的公允價值確認非貨幣性資產轉讓收入。非貨幣性資產轉讓收入減除該資產原值及合理稅費後的余額為應納稅所得額。
4、關聯交易定價不合理
問題：部分企業利用關聯企業之間的“稅負差”轉移利潤，實現降低稅負的目的；
對策：關聯交易應按照《企業所得稅》以及《特別納稅調整》的規定，提交留存相關資料，以證明定價的合理性。
5、特殊性稅務處理未進行備案
問題：企業在進行重組中，適用了特殊性的稅務處理，卻沒有按照規定到主管機關進行備案。
對策：選擇特殊稅務處理應按《關於企業重組業務企業所得稅處理若幹問題的通知》(財稅[2009]59號)第11條規定備案；如企業重組各方需要稅務機關確認，可以選擇由重組主導方可向稅務機關申請，層報省級稅務機關確認；
6、整體改制中的契稅、營業稅、土增稅問題
問題：企業在整體改制中，涉及到大量資產的轉讓行為，沒有按照稅法規定繳納相應的契稅、營業稅、土地增值稅等。
對策：依照稅法規定，納稅人在資產重組過程中，通過合並、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、債務和勞動力壹並轉讓給其他單位和個人的行為，不屬於營業稅征收範圍，其中涉及的不動產、土地使用權轉讓，不征收營業稅。根據《關於企業改制重組有關土地增值稅政策的通知》（財稅〔2015〕5號），符合條件的四種情況暫不征收土地增值稅。
7、消除同業競爭，未進行稅務註銷
問題：企業掛牌新三板前，為了消除同業競爭問題，對部分項目公司進行了註銷，卻沒有進行稅務註銷。
對策：企業應該按照規定，及時進行稅務註銷，進而進行工商註銷，從法律上消滅主體資格。
8、稅收遷移問題
問題：企業為了享受區域性的稅收優惠，實施了稅收遷移，但是企業法人營業執照、實際辦公地址、稅務登記證存在不壹致的情形。
對策：企業應該盡快按照工商、稅務部門的要求，實現營業執照、稅務登記等的壹致性。
9、稅務優惠資格存疑
問題：企業取得稅收優惠資格（如高新技術企業等）後，管理不規範，沒有按規定提交相應的備案等材料。
對策：掛牌前，企業已經取得的稅收優惠資格，比如高新技術企業、雙軟企業等，應該符合國家相關法律、文件的要求，獲得相應的批準，進行備案，以保證稅收優惠資格的有效性。
10、存在欠稅問題
問題：掛牌前，公司存在欠繳稅款行為。
對策：及時申報繳納稅款是企業的應盡義務，如果企業因為特定的原因不能及時繳納稅款，可以按照規定申請延期繳納稅款，否則，會受到相應的行政制裁，並會成為掛牌新三板的障礙。
11、存在補稅行為
問題：部分企業掛牌前為了提高的賬面利潤，調增利潤，從而補交稅款，還有因為會計差錯補交稅款。
對策：企業掛牌前補交大量稅款，需要有合理的說明，否則會構成掛牌新三板的障礙因素。而對於因會計差錯，不交少量的稅款，壹般不會影響新三板掛牌。
12、存在逃稅行為
問題：公司在以往的經營過程中存在偷逃稅的行為。
對策：具有主觀故意的偷逃稅行為，會構成“新三板”審核中的實質性障礙，應避免偷逃稅的發生。
13、因涉稅事項被稅務機關處罰
問題：企業因為違法相關稅法規定，被稅務機關行政處罰。
對策：應判斷處罰行為是否構成重大違法違規行為，具體需要結合主觀方面、涉案的金額等作出判斷，由律師出具法律意見書，稅務機關出具證明。
14、其他涉嫌稅收重大違法違規行為
問題：因其他涉稅事項受到稅務機關的行政處罰。
對策：需要結合具體的情形，作出是否構成重大違法違規的判斷，並由律師出具法律意見，稅務機關出具證明材料。
15、股權代持稅務問題
問題：基於特定的原因，公司存在代持股的情形。
對策：在不構成經營障礙的前提下，應做到股權的實名制，如果客觀上需要代持股，代持股協議應明確雙方的權利義務，代持人應該按照規定依法繳納稅款。
16、存在稅務爭議
問題：公司在掛牌過程中，與稅務機關存在稅務爭議。
對策：與發達國家相比，我國的稅收立法層級較低，上位法簡單，包容性小，在稅收征管中大量部門規章、內部規範性文件在實際發揮作用，由此帶來稅務機關執法的自由裁量權過大；另壹方面，從實踐中看，壹些違背稅法原理、侵害納稅人合法權益的案例時有發生。如果企業的合法權益確實受到侵害，可以尋求專業稅務律師的幫助，通過專業的稅法分析和有效的溝通化解爭議。