截至2019年4月，南京理工大學有機械工程、化學工程、電子工程與光電技術、計算機科學與工程、經濟管理、能源與動力工程、自動化、理學、外語、公共事務、馬克思主義、材料科學與工程/格萊特研究院、環境與生物工程、設計藝術與傳媒。知識產權學院等15專業學院，以及錢學森學院、中法工程師學院、國際教育學院、創新創業教育學院、繼續教育學院，聯合組建南京理工大學紫金學院、南京理工大學泰州科技學院兩個獨立學院。