雙方達成了知識產權轉讓的意向，並簽訂了轉讓協議，雙方需要在協議中詳細列明轉讓的知識產權及相關事宜。壹旦協議簽訂並生效，雙方就應該依照協議條款履行各自的義務。之後雙方發現協議中存在漏洞或者未列明的事項，可以通過補充協議或協議修改的方式加以解決。但是，在補充協議或修改協議時，需要註意，雙方均應同意，並簽署新的協議文件。
在簽署補充協議之前，雙方應該詳細地討論需要補充的內容，確保雙方充分理解補充的條款，並達成雙方都能接受的協商結果。補充協議應該明確註明被補充的原協議的主要條款，同時需要詳細描述補充的條款內容，以免引起不必要的糾紛和誤解。