被告公司壹般不可以註銷。由於被告公司在進行訴訟時，權利義務關系尚未明確，公司的清算組也不能準確的確定公司的資產和債權債務情況，所以要等訴訟結束後，公司經依法清算，才能申請辦理註銷登記。
法律客觀：《最高人民法院關於適用的解釋》第六十四條 企業法人解散的，依法清算並註銷前，以該企業法人為當事人；未依法清算即被註銷的，以該企業法人的股東、發起人或者出資人為當事人。 《中華人民***和國民法典》第六十八條 有下列原因之壹並依法完成清算、註銷登記的，法人終止： （壹）法人解散； （二）法人被宣告破產； （三）法律規定的其他原因。 法人終止，法律、行政法規規定須經有關機關批準的，依照其規定。