1，流程不壹樣
聯合年檢代表處登錄用戶界面後，點擊“填寫年報”按鈕。網上申報系統會自動匹配並顯示代表處年度報告表。
工商年檢需要打印年報，提交書面材料。代表處確認所填信息準確完整後，點擊“提交”按鈕。網上申報系統會根據年報設置的必填項進行判斷，不符合要求的會自動提示代表處進行補充修改；如果符合要求，會提示代表處申報成功。
2.不同的覆蓋範圍
聯合年檢的年度報告包括公司股東(發起人)出資情況和資產狀況等。企業應當對年度報告的真實性和合法性負責，工商部門可以對企業年度報告的公示內容進行抽查。
工商年檢發現企業年度報告隱瞞真實情況、弄虛作假的，工商部門應當依法處罰，並通報公安、財政、海關、稅務等有關部門企業法定代表人和負責人。企業三年不做年報，將被永久列入黑名單。
3.不同的目的
聯合年檢的主要目的是審查這些註冊公司是否合法經營，是否有能力繼續經營。其中，註冊資本年檢是壹項非常重要的內容，因為是否有足夠的資本是考核壹個企業是否具有持續經營能力的重要標誌。
工商年檢是對公司註冊資本的定期審核，可以在壹定程度上防止公司驗資通過後抽逃資金，遠比公司時點資金驗資可靠，這也是工商年檢的目的之壹。
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