原因:
1.發票本身有問題。也許是個包裹。現在假發票橫行，不排除造假者可以掌握企業購買發票的信息，所以還是要帶著發票原件去稅務機關鑒定。
2.發票是從稅務局收到的正式發票，但沒有遵循正確的步驟。結果，計算機上沒有收集到發票的金額。因此，開票金額與稅務機關收取的金額不壹致。
擴展數據
近年來，在審計中發現，壹些單位支出票據的真實性無法得到保證，虛開發票的現象依然存在。在審計中，辨別發票真偽的方法有:
1，從印章開始
發現假發票的印章大致有以下幾種類型:
(1)印章不明確或沒有印章。壹些業務部門開具假發票時，為了推卸責任，保護自己，故意印不清印鑒或拒絕蓋章。
(2)使用停業企業的公章。有的企業雖然破產了，但公章沒有依法收繳，為開具假發票提供了便利。
(3)印章經營範圍與發票內容不壹致。例如，在審計中，我們發現有些發票是汽修開具的，但蓋有雜貨店的印章；內容是辦公用品，但印章是某商場服裝專櫃的銷售專用章。
(4)稅務部門只蓋開票專用章，沒有經營單位財務專用章，也沒有個體經營者私章。
2、從標準度來說。
在審計過程中，我們發現有些發票不符合《中華人民共和國發票管理辦法》的有關規定，有些發票不是采購單位開具的，有些發票不是按日期開具的。
這類發票在報銷單位和錄入時間上靈活性很強，隨時隨地都可以報銷。比如，壹些主管部門將不能入賬的獎金、禮品開具成上述不規範的假發票，向下屬單位收取。
3.從內容開始
目前被審計單位開具虛假發票的內容主要有“辦公用品”、“副食”、“勞保用品”、“汽油”、“維修費”等。如果這些方面的支出極高，就可能存在開具假發票的問題。
在審核此類發票時，要特別註意每年春節、中秋節所在月份，開具虛假發票掩蓋濫發福利、用公款送禮的事實是否有用。
百度百科-發票識別方法