(1)辦公室。
負責政府事務；負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦政府信息、統計、信訪、議案、建議、提案、保密、政府信息公開、保密等工作；承辦重要事項的組織和監督。
(2)綜合協調辦公室(對外交流與合作辦公室)。
承擔市食品藥品安全委員會辦公室的日常工作，指導區縣食品藥品安全委員會及其辦公室開展相關工作；組織食品藥品監督管理的對外交流與合作。
(3)法律事務處(研究室)。
負責本系統推進依法行政的全面工作；起草本市食品藥品監督管理的地方性法規草案和政府規章草案；組織制定食品藥品監督管理檢查制度；負責行政執法監督；承辦行政復議和行政訴訟的相關工作；負責本機關行政規範性文件的合法性審查和相關備案工作；承擔本市重大食品藥品安全問題的調查研究，開展安全形勢分析，提出相關政策建議；研究制定食品藥品安全規劃、計劃、食品藥品監督管理政策和措施；負責綜合稿件的起草。
(4)食品生產監管部門。
負責本市食品生產許可證的管理；負責食品質量安全生產的監督管理，組織協調食品安全生產違法案件的查處工作；負責問題食品召回的管理。
(5)食品流通監管辦公室。
負責本市食品流通許可的管理；負責食品商販、食雜店、商場、超市、便利店等流通環節的食品安全監督管理，組織協調對流通環節食品安全違法行為的查處。
(6)食品市場監管辦公室。
負責食品集中交易市場食品經營、食品物流配送、廟會、遊園會、展銷會等場所食品經營的安全監督管理；依法負責自動售貨設備、互聯網、郵購、電視電話購物等無店鋪方式食品經營的安全監督管理；組織協調上述地區食品安全違法行為的查處工作。
(7)餐飲服務監管部。
負責本市餐飲服務許可的管理；負責餐館、快餐店、小吃店、飲品店(甜品店)、食堂、集體用餐配送單位、中央廚房、農村民俗遊客、夜市餐飲服務、餐具清洗消毒服務等形式的食品安全監督管理。；組織協調餐飲服務食品安全違法行為的調查處理；組織大型活動、餐飲服務和食品安全保障。
(8)藥品註冊。
負責組織實施國家藥品標準，監督實施藥物非臨床研究和藥物臨床試驗質量管理規範；組織制定醫療機構制劑規程和中藥飲片炮制規範，並組織實施；負責直接接觸藥品、藥用輔料、中藥保護品種的藥品、包裝材料和容器的註冊申請審批，以及處方藥和非處方藥的轉換；負責藥品再註冊和不改變藥品內在質量的補充申請、醫療機構制劑和現有國家標準藥用輔料註冊申請的審批；負責醫療機構制劑調劑的管理；審核藥品進口通關記錄；組織協調藥品註冊違法案件的查處工作。
(9)藥品生產監督所。
負責本市藥品生產、委托藥品生產、醫療機構制劑許可和生產質量管理規範認證工作，並監督實施；依法承擔放射性藥品、麻醉藥品、醫療用毒性藥品、精神藥品和藥品類易制毒化學品(以下簡稱特殊管理藥品)的監督管理；組織藥品不良反應的監測；負責藥品的再評價和淘汰藥品的初審；組織協調查處涉及藥品生產和專項管理的違法案件。
(10)醫療器械註冊監督辦公室。
組織實施醫療器械標準和分類管理制度；負責本市第壹、二類醫療器械註冊申請和國產第三類醫療器械不改變產品內在質量申請的審批，監督醫療器械臨床試驗管理規範的實施；負責醫療器械生產許可，並監督生產質量管理規範的實施；負責醫療機構采購、儲存和使用醫療器械的質量監督；組織醫療器械不良事件的監測和再評價；組織協調醫療器械註冊、生產和使用中違法案件的查處工作。
(十壹)藥品和醫療器械市場監管部(廣告審批部)。
負責本市藥品批發業務、互聯網藥品信息服務、互聯網藥品和醫療器械交易服務的許可和監督管理；負責藥品零售企業和醫療器械經營企業許可證的管理；組織並監督實施藥品和醫療器械質量管理規範認證；組織實施藥品分類管理和醫療器械經營企業分類管理制度；負責醫療機構使用藥品的質量監督；負責問題藥品和醫療器械的召回管理；組織協調藥品、醫療器械經營違法案件的查處工作；負責藥品、醫療器械、保健食品廣告的審批和監督管理。
(十二)保健食品化妝品註冊監管司。
負責本市國產保健食品和特殊用途化妝品註冊申請的審批；負責非特殊用途化妝品(包括進口)的備案；負責保健食品和化妝品的生產許可和監督管理；負責保健食品經營許可管理和化妝品經營的監督管理；組織化妝品不良反應的監測；負責保健食品和化妝品的召回管理；組織協調對保健食品、化妝品生產經營中違法案件的查處。
(十三)應急管理辦公室(醫用物資儲備管理辦公室)。
負責全市食品藥品安全應急體系和能力建設；組織編制本市食品藥品安全應急預案並進行演練；組織食品藥品安全突發事件應急救援工作；組織食品藥品安全事故的調查處理；指導和協調各區縣食品藥品安全應急管理工作；負責醫療物資儲備管理、緊急呼叫協調等工作。
(14)風險監控辦公室。
負責本市食品藥品安全統計工作；分析和預測食品藥品安全總體形勢，組織食品藥品安全風險評估、預警和風險交流；制定食品、藥品以及直接接觸藥品的包裝材料和容器的質量安全風險監測和抽樣計劃，組織實施，發布質量安全公告；擬定本市重點監督管理的食品和食用農產品目錄。
(15)科技與標準司(信息管理司)。
負責編制本系統科技發展規劃、信息工作規劃和年度計劃，並組織實施；組織實施食品藥品監督管理重大科技項目；參與食品安全標準的制定和修訂；推進食品藥品檢驗檢測體系和電子監管追溯體系建設；負責食品藥品安全專家學者的日常聯系；組織協調食品藥品監督管理重大信息化工程建設；負責食品藥品安全信用信息平臺、電子監管追溯信息平臺和應急指揮信息平臺的建設、運行和維護，以及信息和數據的采集、發布和管理；負責機關電子政務工作。
(16)新聞宣傳部。
負責全市食品藥品安全新聞宣傳，開展輿情監測和應對處置工作；實行統壹的食品安全信息發布制度，發布重大食品藥品安全信息；承擔食品藥品安全科學普及工作。
(十七)人事教育司(離退休幹部處)。
負責本系統的幹部人事、機構編制、隊伍建設、教育培訓工作；負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作；實施執業藥師資格準入制度，組織執業藥師註冊；組織建立食品安全生產經營單位主要負責人培訓考核制度，組織食品安全管理員培訓。
(十八)財政部門(審計部門)。
負責編制部門預決算，管理資金使用；負責本系統財務、固定資產和執法裝備的管理；組織實施內部審計；承擔行政事業性收費的監督管理。
機關黨委(基層工作辦公室)負責機關和直屬單位的黨群工作；負責本系統的基層建設；負責本系統的思想政治工作和精神文明建設；組織制定本系統的績效管理考核制度並組織實施。
工會負責機關和直屬單位的工會工作。
紀檢監察機構按照有關規定派駐。