二、財務科，職能：負責機關及所屬事業單位的財務、資產管理、內部審計工作；負責組織編報和執行部門年度財務預算，參與監督環保項目資金的使用管理；負責行政、事業經費的預決算及會計核算工作；負責職工住房公積金和有關社會保險的管理工作
三、環境管理科，職能：擬訂本區環境保護總體規劃並組織實施；組織編制環境保護功能區劃；擬訂控制汙染物階段性目標和防治措施並組織實施；負責提出其他規劃、計劃中的環境保護內容的意見和建議；指導、協調、參與監督本區對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作；會同有關部門組織開展本區農村生態汙染防治和生態保護工作；參與促進循環經濟、環境保護產業發展、清潔生產促進等有關工作；指導街道（地區）鄉鎮的環境保護綜合整治工作；參與本區環境保護重大課題的調查研究及環境形勢綜合分析，並提出對策建議；負責環境保護綜合性文字材料起草工作；負責局計算機及網絡維護管理工作；承辦區環境保護委員會辦公室的日常工作。
四、汙染減排科，職能：負責排汙許可證、汙染設施閑置或拆除行政許可工作；負責組織監督實施汙染物排放總量控制和年度削減計劃；負責監督指導減排項目的建設、運行；負責組織實施全區環境綜合整治定量考核；負責環境統計和汙染源普查工作。
五、法制科，職能：負責擬訂本區環境保護法制工作規劃和年度計劃並組織實施；負責推進依法行政綜合工作；負責行政執法工作的監督、指導和協調；負責局機關及所屬事業單位人員的法制培訓；承擔全局行政規範性文件的合法性審核和有關備案工作；承擔行政復議、行政賠償和行政訴訟、民事訴訟等有關工作；負責組織行政處罰、行政許可聽證工作。
六、環境影響評價科，職能：按照有關規定審批建設項目環境影響評價文件；負責建設項目主體工程與環境保護設施同時設計、同時施工、同時投產使用的監督管理；負責建設項目竣工環境保護驗收；負責全程辦事代理制受理及有關協調工作。
七、輻射安全管理科，職能：負責本區輻射安全監督管理；負責對本區內放射源和射線裝置實施有效的日常監督管理，對違反《放射性同位素與射線裝置安全和防護條例》規定的行為實施行政處罰；負責編制轄區內輻射事故應急預案，並與公安、衛生部門做好轄區內輻射事故的應急響應工作；負責依法對本區醫療單位實施日常監督管理，並會同有關部門開展執法檢查；組織危險廢物、醫療廢物申報登記。
八、環境保護監測站，職能：負責組織實施環境質量監測和汙染源監督性監測，編報環境質量報告書。
九、環境保護監察支隊，職能：負責組織協調環境汙染事故和生態破壞事件的調查處理;參與突發環境事件的應急處置;負責本區水體、大氣、固體廢物、噪聲、惡臭等環境汙染防治的日常監督管理;會同有關部門監督管理水源防護區環境保護工作;參與本區城市環境綜合整治工作，組織開展環境保護執法檢查;負責限期治理、排汙申報登記、排汙收費、建設項目主體工程與環境保護設施同時設計、同時施工、同時投產使用執行情況檢查；負責組織實施本區汙染源監督性在線監測；負責依法對本區危險化學品企業實施日常監督管理，並會同有關部門開展執法檢查。
十、機動車排放管理站，職能：貫徹落實國家和市有關機動車汙染控制的法律法規、政策和標準，落實市政府控制大氣汙染的相關措施；負責制定本區機動車排放監督檢查工作計劃並組織實施；負責對本區機動車尾氣排放、外地進京車輛和群眾舉報排放超標車輛進行監督檢查；負責采用遙感技術對機動車排放進行檢測；負責收集、分析機動車排放的有關資料和數據。
十壹、環境影響評估中心，職能：負責建設項目申報前期的現場調查；負責分析環境影響評價文件的可行性；負責組織專家對重點敏感項目進行論證及咨詢；負責對本區建設項目環境影響報告書（表）及竣工驗收報告等技術文件擬寫技術評估意見。