(1)辦公室(計劃財務部)
綜合協調局機關和直屬單位相關工作，督促重大事項落實；負責文電、會議、機要、檔案、信息、保密、信訪、政府信息公開、內部規章制度建設；負責起草重要的綜合性文件和文稿；協調局機關效能建設；組織協調宣傳和信息化建設；負責局機關行政後勤事務和安全保衛工作；負責海洋與漁業(含漁港)重大建設項目和技術改造項目的審核申報、項目建設監督管理等相關工作，組織編制部門預決算，管理行政經費和專項資金，承擔系統統計和行業信息工作，指導和監督下屬單位財務工作，負責局機關和下屬單位基本建設、國有資產管理、政府采購和內部審計工作。
(2)政策法規司
擬訂海洋和漁業發展戰略和政策；負責重大決策的合法性論證；指導海洋管理體制、漁業體制改革和行政執法體系建設；負責推進海洋與漁業法制建設，協調依法行政；組織制定海洋與漁業地方性法規，提出制定涉海法規的建議，負責局機關規範性文件的合法性審查；組織協調海上聯合執法，監督海洋與漁業行政執法，監督行政執法責任制的落實，負責行政訴訟；組織研究維護國家海洋權益的對策措施，承擔、組織、協調處理重大海洋與漁業權益糾紛，辦理涉外漁業案件；負責海洋與漁業政策法規咨詢和法制宣傳，執法人員培訓。
(3)海事和島嶼管理辦公室
負責起草並組織實施海洋功能區劃、海域開發利用總體規劃和無居民海島保護利用規劃；負責海域和無居民海島使用的審查、論證和評估，並進行權屬登記；依法負責海洋自然資源的管理；負責本行政區域毗鄰海域采砂臨時用海的監督管理；負責海域劃界和無居民海島名稱、標誌的設置；負責調解本行政區域毗鄰海域的海洋權益糾紛；負責海域使用費的征收和減免；並負責海底電纜和管道的管理
(4)資源環境保護與觀測預報辦公室
組織制定海洋環境保護和整治規劃，制定陸源主要汙染物入海排放標準，制定總量控制制度並組織實施；組織建設全市海洋資源環境監測監視網，負責海洋和漁業水域海洋資源環境的調查、監測、監視和評價，發布海洋環境質量公報和海洋專項環境信息；負責海洋環境安全專項保障體系建設；負責環境保護，防止海洋開發、海洋工程和海洋傾倒造成的海洋汙染損害，調查處理漁港、海洋和淡水漁業水域的汙染事故；負責審查新建、改建、擴建海岸工程建設項目的環境影響報告書；負責審批新建、改建、擴建海洋工程項目的環境影響報告書；負責海洋工程建設項目環境保護設施“三同時”制度的監督、實施、檢查、驗收；組織海洋和漁業領域節能減排。
負責起草海洋觀測預報系統發展規劃並組織實施，組織全市海洋觀測網絡建設，承擔海洋平面、海水入侵和海岸侵蝕災害的調查、監測和評估，承擔海洋觀測、預測、評估和信息發布工作，編制海洋災害公報，組織編制和實施海洋災害應急預案，指導海洋災害的海洋生態環境影響評估。
(5)漁業管理辦公室
負責漁業經濟調查，制定漁業發展規劃和計劃，提出產業政策建議，指導漁業產業結構和布局的調整和產業化，負責漁業產業的發展和管理；制定漁船和漁港相關政策法規，承擔漁港作業的審批、申報和監督管理，監督管理漁船，監督管理漁船汙染物和廢棄物的集中收集和處理；監督管理捕撈信息、漁具和捕撈方法，監督實施捕撈許可證制度和伏季休漁制度；指導和協調近海和遠洋漁業發展，負責遠洋漁業企業資質審查和申報；監督管理海域、灘塗增殖放流，監督管理水產種質資源開發利用、品種選育、苗種生產、進出口、質量檢驗檢疫；監督管理漁業行業各類產品、飼料、漁藥及其投入品、漁船和漁機產品的使用和質量技術標準化工作；負責水產品質量安全監管，指導水產品加工和流通，參與品牌培育和市場體系建設；負責水產疾病防控網絡體系的規劃和建設管理，協助指導水產品市場的規劃和建設，實施城市水產品菜籃子工程；負責審核編制漁業專項建設(不含基礎設施)項目，組織指導漁業災後恢復生產；監督管理行業安全生產，負責全市漁業突發事件應急指揮、處置和救援的綜合協調和監督管理。
(6)科技與海洋經濟發展司
制定並組織實施海洋經濟發展規劃和海洋與漁業科技發展規劃，組織實施“科技興海”、“科教興漁”戰略；負責海洋與漁業行業重大科技研究和高新技術研究、推廣和成果轉化，引導海洋科技創新和海洋戰略性新興產業發展；組織實施國家海洋行業標準，制定和實施地方海洋行業標準；負責組織海洋基礎和綜合調查，組織實施海水利用和海洋可再生能源技術的研發和應用，開展科技服務和科普活動；負責本行業科技成果的評審、獎勵評審和管理；承擔涉外海洋科學考察和研究活動的監督管理；組織海洋經濟綜合核算，研究、分析和評價海洋經濟運行情況；承擔海洋研究的綜合協調工作，負責海洋專家組的服務工作；指導海洋與漁業行業社團組織的工作。
(7)對外經濟關系、外交和國際合作司
負責對外和臺灣海洋與漁業的經濟技術交流，負責出國團組申報和外事工作；負責籌備國際海洋周等重大國際交流合作活動；國際合作項目綜合管理，負責海岸綜合管理示範項目工作計劃的管理、協調和實施，並監督各子項目的實施；指導和協助廈門海岸帶可持續發展國際培訓中心的工作；承擔PNLG(東亞海岸帶可持續發展地方網絡)廈門秘書處的工作；負責與國家海洋局和東亞海域環境管理區域項目組織的聯絡和協調；組織與國際國內沿海城市在海洋綜合管理領域的交流與合作。
(八)廈門珍稀海洋物種國家級自然保護區管理委員會辦公室。
負責管理廈門珍稀海洋物種國家級自然保護區；宣傳貫徹國家有關自然保護區的法律、法規、規章和政策；制定廈門珍稀海洋物種自然保護區總體建設規劃並組織實施；監督檢查海洋自然保護區管理機構履行各自職責；制定並組織實施開發利用保護區資源優勢，提高其社會效益和經濟效益的措施。
(9)人事部門
承擔局黨組的日常工作；協助局機關和直屬單位領導班子和幹部隊伍建設；負責局機關及直屬單位的機構、人事、勞動工資管理工作；負責出國人員的政治審查；負責思想教育和政治學習、安全保衛、綜合治理、計劃生育和民兵預備役、海上交通戰備等工作；負責局機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
黨委
負責局機關和直屬單位的黨群工作。