國家保護用地單位和個人的土地使用權和收益權；用地單位和個人有保護、管理和合理利用土地的義務。第三條特區內已開發和待開發的礦藏、水流、森林等土地和自然資源，由深圳市人民政府(以下簡稱市政府)統壹管理。
任何單位和個人需要使用土地的，應向市政府提出申請，在規定的期限內有償取得土地使用權，並領取國有土地使用證。第四條用地單位和個人對其使用的國有土地只有使用權，不得擅自改變土地用途。第五條市政府為了公共利益的需要，可以依法征用土地。征用集體所有土地的補償費和安置補助費，按照《廣東省土地管理實施辦法》的規定辦理。第六條深圳市國土資源局(以下簡稱市國土局)是市政府主管本行政區域內城鄉土地的職能機構，負責組織實施和監督國家和省土地管理法律、法規和本條例。第七條土地使用權出讓價款(以下簡稱土地使用權價款)、土地使用費和土地使用權出讓金的收益，作為特區土地發展基金，由市政府管理，用於土地開發和保護，不得挪作他用。土地開發資金的管理和使用辦法由市政府制定。第二章土地有償使用第八條特區國有土地使用權由市政府專營，統壹有償出讓。第九條市政府有償出讓國有土地使用權可以采取以下方式:
(1)協議；
(2)投標；
(3)公開拍賣。
土地使用權出讓的程序和辦法由市政府制定。第十條受讓人必須與市國土資源局簽訂土地使用合同，明確雙方的權利和義務。
受讓人在市國土資源局繳納土地價款後，應當立即核發國有土地使用證，確認其使用權。第十壹條通過協議、招標方式出讓土地使用權的，受讓人應按土地使用合同規定的期限和方式向市國土資源局繳納土地價款；逾期繳納的，應當繳納滯納金。第十二條以公開拍賣方式出讓土地使用權的，受款人應當在簽訂土地使用合同之日起7日內，向市國土資源局繳納土地使用權出讓金的0%。
受讓人應當自簽訂土地使用合同之日起90日內付清地價款；逾期不繳納的，市國土資源局可以終止其土地使用合同，已繳納的保證金不予退還。第十三條受讓人應按市政府的規定，每年向市國土資源局繳納土地使用費。第十四條收款人需要改變土地使用合同約定的土地用途，必須報市國土資源局批準。批準後，受讓人應按市國土資源局的規定補足地價，簽訂補充土地使用合同，並辦理變更登記。第十五條國家機關、軍事單位、文化、教育、衛生、體育、科研和市政公共設施等非營利性用地的使用價格，經市政府批準可以降低。第十六條國有土地使用權出讓年限根據生產行業和經營項目的實際需要確定，最長為50年。
土地使用期屆滿後，受讓人需要繼續使用土地，必須辦理續期手續。第十七條市政府在受讓方連續兩年不按土地使用合同規定投資建設的情況下，有權終止土地使用合同，收回土地使用權，並視投資情況給予補償。第十八條本條例頒布前，用地單位和個人與市政府及其授權部門簽訂的土地使用合同仍然有效。但未確定土地使用年限和土地使用費的，應當重新辦理國有土地使用權登記，土地使用年限和土地使用費的標準由市國土資源局根據生產行業和經營項目確定。第三章土地使用權有償轉讓第十九條用地單位和個人取得的國有土地使用權可以有償轉讓或者抵押。第二十條用地單位和個人轉讓土地使用權，必須具備下列條件:
(壹)有國有土地使用證；
(二)除土地價款外，投入開發建設的資金達到總投資的25%。第二十壹條土地使用權轉讓，由當事人自行確定。第二十二條土地使用權轉讓，當事人應當簽訂土地使用權轉讓合同，並在合同簽訂之日起日內，到市國土資源局辦理變更登記，繳納土地使用權出讓金，換發國有土地使用證。土地使用權出讓金的標準由市政府規定。第二十三條受讓人取得土地使用權後，應當履行原土地使用合同約定的義務。第二十四條土地使用權轉讓價格明顯低於現行市場價格的，市國土資源局可以按照轉讓價格回購土地使用權。第二十五條用地單位和個人轉讓減免地價後的土地使用權，或改變土地用途，獲取經濟利益，應向市國土資源局繳納地價。