港口、海洋與漁業、體育、旅遊、交通、安監、公安邊防、海警以及法律法規授權的其他有關部門和組織，在各自的職責範圍內依法負責海上交通安全管理工作。
廈門海上搜救機構(以下簡稱海上搜救機構)負責海上搜救工作的組織、協調和指揮。海事機構承擔海上搜救機構的日常工作。第四條市、區人民政府應當建立海上交通安全綜合協調機制，定期組織有關部門開展海上交通安全綜合執法檢查或者聯合執法。第五條船舶、設施的所有人、經營人對其船舶、設施的海上交通安全全面負責。
航運相關行業協會應當制定行業自律規則，加強對會員的海上交通安全宣傳和培訓。第二章航行、停泊和作業第六條船舶進出港口、在碼頭停泊、移動或者靠泊時，應當按照規定通過甚高頻無線電話或者其他有效方式向海事機構報告其位置和動態信息。海事機構應當監控廈門海域的交通狀況，及時發布海上交通安全信息；應船舶要求提供相應的安全信息服務。第七條下列船舶進出港口、在港內航行、移泊或者離碼頭停泊，應當向引航機構申請引航:
(壹)外國籍船舶；
(二)經海事機構會同港口行政管理部門報國家交通主管部門批準，應當申請引航的中國籍船舶；
(三)法律法規規定應當申請引航的其他中國船舶。
前款規定以外的船舶可以根據需要申請引航。
引航員在引導船舶時，應在指定地點上下被引導船舶。遇有特殊情況，變更上下船地點的，應當及時向海事機構報告。第八條有下列情形之壹的，海事機構可以根據需要，對特定水域、特定船舶在特定時間采取劃定交通管制區、封閉航行、單向航行、限制航行等交通管制措施:
(1)惡劣的天氣和海況；
(二)進行影響航行安全的水下活動；
(三)發生影響航行的海上交通事故；
(4)緊急救援；
(五)開展重大體育、軍事等活動；
(六)船舶密度短時間內急劇增加，航行秩序發生重大變化的；
(七)對海上交通安全有較大影響的其他情形。
因前款第壹項規定的情形需要實施交通管制的，海事機構應當明確管制標準、閉(限)航措施、管制時間等內容，並向社會公布後實施。第九條船舶應當根據當時的環境和條件，以安全航速航行。
在港內和廬江航道等特定區域航行的船舶，應當遵守海事機構制定並公布的航速規定。第十條500總噸以下的船舶，在不危及船舶航行安全的情況下，應當盡可能在航道內靠右行駛或者在航道外緣行駛。遇有500總噸以上船舶靠近，應當盡快讓出航道。
總噸位在500噸以上的非客船不準在廬江航道航行，但執行公務的船舶除外。
船舶通過廈門港杜東航道猴島段時，500總噸以下客船應在東航段航行，其他船舶應在西航段航行。第十壹條船舶穿越或者進入航道，應當主動避讓沿航道行駛的船舶，禁止搶奪他船船首。
船舶接近渡線或者發現其他船舶穿越航道時，應當采取鳴喇叭、必要時減速等有效避讓措施。第十二條拖帶船隊航行時，應當具有足夠的避讓和控制能力，確保安全，正確顯示拖帶信號，在港內航道的拖帶速度不得低於三節。第十三條從事旅客運輸的船舶應當在顯著位置標明載客定額，不得在船艙和人員通道堆放貨物。
禁止船舶未經批準載客，禁止客船超定額載客。第十四條碼頭經營人應當根據航道條件和設計靠泊能力，為船舶安排足夠水深、長度和相應設施、條件的泊位。
船舶靠泊在壹起時，不得影響其他船舶、碼頭(設施)的安全和附近水域的通航環境。第十五條港口行政管理部門應當將下列船舶靠離計劃提前通知海事機構:
(壹)國際航行的船舶；
(二)散裝運輸危險貨物的船舶和油輪；
(三)500總噸以上的其他船舶。
海事機構應當根據交通流量、通航環境和港口船舶動態計劃實施交通組織。海事機構有權根據交通組織的實際情況調整和變更航行計劃，並及時通知港口行政管理部門。