(壹)組織農業環境建設，推廣生態農業，開發生態農產品，發展農業環保產業；
(二)負責農業環境保護區的規劃、建設和管理；
(三)組織農用地、農業用水、農業生物和農產品環境質量的監測和調查以及農業環境影響評價；
(四)組織和指導防治農業生產和農民生活造成的農業環境汙染；
(五)宣傳普及農業環境保護知識，組織開展農業環境保護科學研究和技術推廣交流；
(六)依照法律和本條例的規定，行使現場檢查權、汙染調查處理權、行政處罰權以及其他有關職權。第八條縣級以上人民政府土地、水利、林業、水產等行政主管部門依照有關法律、法規的規定，對其職責範圍內的農業環境保護工作實施監督管理。
環境保護行政主管部門、農業行政主管部門和其他依法行使環境監督管理權的部門應當密切配合，做好農業環境保護工作。第九條各類環境監測機構應當根據各自的職責，以多種方式配合開展農業環境監測。
農業行政主管部門的農業環境監測機構按照有關規定參加環境監測網絡，其提供的監測數據和資料是農業行政主管部門開展農業環境保護、處理農業生產和農民生活引起的農業環境汙染事故和糾紛的依據。
環境保護中農業環境監測機構的監測數據與其他專業監測機構的監測數據發生沖突時，由環境保護行政主管部門所屬的環境監測機構進行技術仲裁。第十條省環境保護行政主管部門會同農業等有關行政主管部門，按照國家有關規定，制定地方農業環境質量標準和汙染物排放標準。此類標準由環境保護、農業、土地、水利、林業、水產等行政主管部門組織實施。按照職責分工。第十壹條各級農業行政主管部門應當根據其管理範圍內的農業環境狀況，制定農業環境保護規劃，納入當地環境保護計劃，經計劃部門綜合平衡後，報同級人民政府批準實施。第十二條對農業環境有直接影響的建設項目，建設單位提交的環境影響報告書必須包括農業環境影響評價的內容。環境保護行政主管部門應當通知同級農業行政主管部門參與環境影響報告書的審批。
上述由農業等行政主管部門管理的建設項目，其環境影響報告書、初步設計中的環境保護篇章和環境保護設施竣工驗收，由主管部門負責預審，監督建設項目設計和施工中環境保護措施的落實，監督項目竣工後環境保護設施的正常運行。第十三條因農業生產和農民生活引起的農業環境汙染事故和糾紛，由農業行政主管部門調查處理；屬於工業汙染和城市生活汙染的，由環境保護行政主管部門組織調查處理，農業等行政主管部門參與並負責提供農業環境汙染損失數據。被檢查單位應當如實反映情況，提供必要的資料。檢查機關應當為被檢查單位保守技術秘密和業務秘密。第十四條跨行政區域、造成農業環境汙染的多個行業交叉的農業環境汙染和環境破壞的防治，由有關縣級以上人民政府協商解決，或者協調上級人民政府作出決定。