《條例》共7章48條。與1988頒布的《基金會管理辦法》相比，該條例不僅內容更加豐富，而且體系更加完備，可以說是對《基金會登記管理條例》的重新起草。《條例》自始至終貫穿著強調培育和發展的指導方針，以規範管理，促進基金會健康發展。在這壹指導原則下，《條例》主要體現了以下八個重要特點。
1.《條例》明確了基金會的公益性質，強調公益目的的重要性。公益是基金會的本質特征，也是基金會成立的唯壹目的。確保基金會的公益性是《條例》的根本任務。非營利組織的受益者通常是不特定的個人和團體，任何個人或團體只要符合其宗旨和業務範圍要求，都可以接受其資助。基金會的資金來源於並服務於社會。為了實現這壹目標，條例做出了許多明確的規定。例如，將基金會定義為“以利用自然人、法人或者其他組織捐贈的財產從事公益事業為目的，依照本條例的規定設立的非營利性法人”，強調基金會的公益性質，以區別於其他信托投資基金、營利性基金管理組織和其他民間公益組織。基金會的公益性質決定了其財產必須用於公益目的並受到保護。《條例》第二十七條第1款規定:“基金會的財產和其他收入受法律保護，任何單位和個人不得私分、侵占或者挪用。”第三十三條還規定:“基金會註銷後的剩余財產，應當按照章程的規定用於公益事業；不能按照章程規定辦理的，由登記機關組織向與基金會性質和宗旨相同的社會福利組織捐贈，並向社會公告。”
2.條例確立了分類管理的原則，鼓勵社會各界參與公益事業。《條例》將基金會分為“公募基金會”，即面向社會公眾募集資金的基金會(目前我國登記的基金會大多為公募基金會)。以及“非公募基金會”，即不得向社會公眾募集資金的基金會，增加了非公募基金會這壹新類別。允許以企業和個人名義命名非公募基金會；對於用私人財產建立的非公共基金會，允許捐贈者的親屬在有限的比例內擔任董事會職務。根據國外經驗，非公募基金會是引導個人和組織的財產向社會特別是弱勢群體流動的有效方式，也是實現社會財富再分配的壹種方式，可以最大限度地調動企業和個人的積極性，吸引更多的社會資源從事公益事業，使公益事業的資金來源多渠道。對於非公募基金會，《條例》規定國家采取支持鼓勵政策，對基金會的名稱、登記條件、資金用途等方面的規定較為寬松。為了規範面向社會公眾的募捐活動，保護愛心資源，減輕社會公眾負擔，維護社會穩定，公募基金會的行為管理較為嚴格。
3.《條例》適應改革開放的新形勢，將涉外基金會納入基金會法規定的管理範圍。《條例》適應涉外民間組織管理的新形勢，將涉外基金會納入境內民間組織管理的法律框架，依法進行登記管理。《條例》對境內外設立基金會沒有限制。允許外國人、港澳臺居民在中國設立基金會，允許境外基金會在中國大陸設立代表處，鼓勵境外基金會進入中國開展公益活動。這些規定不僅解決了涉外基金會的設立和管理問題，也為我國公益事業的發展贏得了更多的外部支持。他們還為進壹步修訂和頒布《社會團體登記管理條例》和《民辦非企業單位登記管理暫行條例》，確定涉外非政府組織的設立管理和法律地位，進行了有益的政策和實踐探索。條例將境外基金會在華活動管理納入境內非政府組織管理框架，規定境外基金會代表機構應當在中國境內從事符合公益事業性質的公益活動。境外基金會對其駐中國大陸代表機構的民事行為，依照中國法律承擔民事責任。考慮到我國是發展中國家，公益負擔較重，募捐資源有限，條例還要求境外基金會代表機構不得在境內組織募捐和接受捐贈。
4.《條例》對基金的保值增值方式作出了公開規定。基金會的保值增值是基金會運營的重點。規定過於嚴格，基金會缺乏活力；如果規定過於寬松，基金會的保值增值風險就會增加，這是壹個難以把握的政策困境。基金會的情況千差萬別，很難將具體的保值增值規則適用於每個基金會。因此，《條例》根據國際慣例制定規則，對基金會的保值增值不做具體要求，只做原則性、開放性的規定，試圖通過社會監督和內部監督來解決對基金會投資行為的約束，同時增加了“過錯賠償”條款。規定因決策不當造成基金會財產損失的，參與決策的理事應當承擔相應的賠償責任，以保證基金會在投資行為上審慎行事。
5.條例鼓勵基金會募集資金，從事公益活動，形成自身資本運作的良性循環機制。基金會籌集和運作資金的能力是保證其生存和發展的關鍵。基金會只有籌集大量資金，才能最大限度地實現其章程所追求的公益目標。目前很多基金會不擅長募捐，也很少開展有影響力的公益活動，因缺乏活力而逐漸萎縮。而壹些成功的基金會往往通過樹立良好的社會形象，形成自己的良性循環機制。為了逐步實現這壹目標，條例從制度上對保障作出規定，將基金會年度公益支出作為衡量基金會是否完成公益任務的重要標準，規定公募基金會年度公益支出不得低於上壹年度總收入的70%；非公募基金會應當將不低於上壹年度基金余額的8%用於章程規定的公益事業；未按規定完成公益金支出定額者，將受到處罰，直至撤銷。可見，名存實亡、不從事實際公益活動的基金會，未來很難有合法的生存基礎和條件。
6.條例確立了公開透明的原則，進壹步完善了監督管理機制。《條例》第五條明確“基金會依照章程從事公益活動，應當遵循公開、透明的原則”。條例還對政府監督和社會監督作出了相應的規定。比如，《規定》明確了登記機關和業務主管單位在登記註冊、日常監管和年度檢驗等方面各自的責任，規定了各種違法行為的細節和相應的法律責任。同時，《條例》還規定，基金會應當接受稅務、會計主管部門依法實施的年度檢查、稅務監督和會計監督；經登記機關年檢合格後，基金會應當在登記機關指定的媒體上公布年度工作報告，接受社會的查詢和監督；公募基金會組織募捐時，應當向社會公布募捐後擬開展的公益活動和詳細的資金使用計劃；基金會處置剩余財產的情況應當向社會公布。
7.《條例》強調要在基金會內部建立規範的內部自律和約束機制。針對壹些基金會內部規範不足、自律機制不完善的現狀，《條例》要求基金會建立以章程為核心的各項自律制度，並根據公益法人組織的特點設立基金會“組織”壹章，明確規定理事會是基金會的決策機構，規範理事會的組成、議事決策程序、監事的設立和職能。制定了規則，防止基金會內部工作人員與基金會的公益宗旨發生利益沖突。通過限制在基金會領取報酬的理事人數，規定非專職在基金會工作的監事、理事不得在基金會領取報酬，基金會法定代表人不得同時擔任其他組織的法定代表人，引導基金會建立自律和自我約束機制，規範基金會行為。
8.《條例》明確了稅收優惠原則，加強了稅收監管。通過稅收手段支持和監管基金會，並對基金會及其捐贈人給予稅收優惠，是各國通行的做法。稅收減免措施是基金會和其他組織發展的重要政策環境。目前，我國在這方面還處於探索階段。為了鼓勵公益事業的發展，我國陸續出臺了壹些稅收優惠政策，促進了公益事業的發展。但是，這些政策規定並不系統，散見於許多相關文件中，在實施過程中也遇到了許多實際問題。《條例》第二十六條規定“基金會、捐贈人、受益人可以依照法律、行政法規享受稅收優惠”，確立了稅收優惠的壹般原則，表明基金會、捐贈人、受益人可以依照法律、法規享受稅收優惠。至於稅收優惠的具體措施，目前相關部門正在研究制定相關規定。基金會在享受稅收優惠待遇的同時，應當依法辦理稅務登記，接受稅務機關的監管。對於有違法行為的基金會，稅務機關也可以要求其補繳違法行為存續期間享受的稅收減免。《條例》通過肯定稅收優惠政策，鼓勵基金會發展，加強對基金會的監管。