(1)辦公廳。
負責文電、會議、機要等機關的日常運作；承辦信息、安全、保密、新聞宣傳、政務公開和信訪工作；根據國家檔案行政管理部門的要求，指導城建檔案工作。
(二)法規司。
組織起草法律法規草案和部門規章；承擔相關規範性文件的合法性審核；指導住房和城鄉建設、行政執法、行政執法監督、行政復議和行政訴訟等方面的普法工作。
(3)住房改革與發展司(研究室)。
制定適合國情的住房政策；指導住房建設和住房制度改革；組織編制全國住房建設規劃和年度計劃並指導實施；研究分析住房和城鄉建設的重大問題；起草壹份全面的手稿。
(4)住房保障部門。
擬訂住房保障政策並指導其實施；承辦中央廉租住房資金安排的有關事宜；組織編制住房保障發展規劃和年度計劃並監督實施。
(5)城鄉規劃司。
擬訂城鄉規劃的政策和規章制度；組織編制全國城鎮體系規劃並監督實施；指導城鄉規劃的編制並監督實施；指導城市勘測、市政工程勘察、城市地下空間開發利用和城市雕塑；承擔國務院交辦的城市總體規劃和省域城鎮體系規劃的審查、審批和實施監督工作；承擔歷史文化名城(鎮、村)的保護、監督和管理工作；制定城鄉規劃單位資質標準並監督實施。
(6)標準和定額的劃分。
組織制定工程建設國家標準、國家統壹定額、建設項目評價方法、經濟參數和建設標準、建設工期定額、公共服務設施(不含通信設施)建設標準；制定項目成本管理的規章制度；擬訂工業部工程標準、經濟定額和產品標準，指導產品質量認證工作；指導和監督各類工程建設標準和定額的實施；擬定工程造價咨詢單位資質標準並監督實施。
(七)房地產市場監管部門。
承擔房地產市場的監督管理工作；擬訂監管和穩定房地產市場房價的政策措施並監督實施；引導城市土地使用權有償出讓和開發利用；提出房地產行業的發展規劃、產業政策和規章制度；制定房地產開發企業、物業服務企業和房屋中介機構的資質標準並監督實施；組織全國房屋權屬信息系統的建設和管理。
(八)建築市場監管部門。
制定規範建築市場各方行為、房屋和市政工程項目招標投標、施工許可、建設監理、合同管理和工程風險管理的規章制度，並監督實施；擬訂工程建設、建築業和勘察設計行業發展政策、規章制度，並監督實施；制定建築施工企業、建築安裝企業、建築裝飾企業、建築制品企業、工程監理單位和勘察設計咨詢單位的資質標準並監督實施；對從事各類工程建設項目招標代理業務的招標代理機構進行資格認定。
(9)城建部門。
擬訂城市建設和市政公用事業的發展戰略、中長期規劃、改革措施和法規；指導城市供水、節水、燃氣、熱力、市政設施、園林、市容和環境管理、城建監察等工作；指導城鎮汙水處理設施和管網建設；指導城市規劃區的綠化工作；承擔國家級風景名勝區、世界自然遺產項目和世界自然文化雙遺產項目的相關工作。
(10)村鎮建設司。
擬訂村莊和小城鎮建設的政策並指導實施；指導鎮、鄉、村莊規劃的編制和實施；指導農村住房建設、農村住房安全和危房改造；為進城落戶的農民提出住房政策建議；指導小城鎮和村莊人居環境的改善；組織村鎮建設試點工作，指導全國重點鎮建設。
(十壹)工程質量安全監督部門。
擬訂建設工程質量、建築安全生產和建設工程竣工驗收備案的政策、法規和規章，並監督實施；組織或參與重大工程質量和安全事故的調查處理；組織制定建築業、工程勘察設計咨詢業的技術政策並監督實施；組織工程建設標準設計的編制、審批和推廣；組織編制城鄉建設防災減災規劃並監督實施；制定各類建築及其附屬設施和城市市政設施的抗震設計規範。
(12)建築節能與科技司。
制定建築節能政策和發展規劃，並監督實施；組織實施重大建築節能工程。指導建築墻體材料革新；組織擬訂住房和城鄉建設科技發展規劃和經濟政策；組織重大科技項目的研究開發；組織實施國際科技合作項目和引進項目創新，引導科技成果轉化和推廣。
(十三)住房公積金監管部。
擬訂住房公積金政策和發展規劃並組織實施；制定住房公積金的繳存、使用、管理和監督制度；監督國家住房公積金和其他住房資金的管理、使用和安全；住房公積金信息系統管理。
(14)計劃、財務和外事司。
組織編制住房和城鄉建設行業發展規劃；參與財稅價格政策的研究和建設；管理部門的信息統計；負責各種資金和國有資產的管理和使用；監督部直屬單位和社會團體的財務和國有資產管理；承辦住房和城鄉建設行業的國際交流合作和外事工作。
(15)人事部門。
承辦機關和直屬單位人事和機構編制管理事項；組織制定行業職業標準、資格標準和職稱標準；根據規定，承擔組織制定高等學校建築類專業的教育標準和評估標準。
機關黨委:負責北京市機關和直屬單位的黨群工作。
離退休幹部局:負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。