壹般說發票有問題，有多種原因
大多是供應商走逃 或非真實交易
壹般要求做進項轉出
如無進項留抵 先行補稅
待稽查結果出來 確定是否為善惡意
再行處置
詳細看下文件：
國家稅務總局公告
2016年第76號