(壹)稅收政策不統壹。最突出的問題是，不同所有制之間和不同地區之間的差別性、歧視性、區域性稅收政策，直接導致稅負不盡公平。
(二)重復征稅。現行稅制壹定程度上存在重復征稅問題，影響國內產品競爭力的提高，不利於擴大投資和推進技術進步。如現行生產型增值稅，對企業購進固定資產中所含稅金不予抵扣，對資本品造成了重復征稅。
(三)稅收優惠過多過濫。現行稅制優惠政策偏多，政策目標之間缺乏協調，特別是地方自行出臺的優惠政策，既影響收入，又造成不公平競爭，影響經濟健康發展。
(四)稅收管理權高度集中於中央，事權與財權脫離。